L'aventure de la Coupe du monde 2006 commence dans la douleur et la morosité. La France débute par un nul face à la Suisse (0-0) et, pour ne pas voir son avenir hypothéqué dans le tournoi, cela la condamne presque à un sans-faute contre les deux autres adversaires du groupe que sont la Corée du Sud et le Togo. Contre la Corée du Sud, la France pense tenir le match, mais à dix minutes de la fin, les Coréens égalisent (1-1). De plus, suite à un second carton, Zidane est suspendu pour la rencontre contre le Togo. Pour ce match couperet, l'équipe de France est remaniée et se présente en 4-4-2 avec Trezeguet et Henry devant. Les togolais résistent longtemps à la domination française. Après une première période crispante et vierge de buts, Vieira, dont les capacités physiques étaient critiquées quelques semaines auparavant, est l'auteur du premier des deux buts et à l'origine d'une passe décisive à Henry pour le second. C'est donc une victoire difficile à se dessiner (2-0) qui assure la qualification à l'arrachée (2e place) pour les huitièmes de finale.
Pour son huitième de finale, l'équipe de France retrouve l'Espagne, le 27 juin à 21h à Hanovre. Il flotte un air de revanche, les Espagnols ayant encore en tête leur élimination à l'Euro 2000. De plus, ce match pourrait être le dernier de Zidane en cas de défaite, ce que ne manque pas de rappeler la presse espagnole très (trop) confiante. Le début de match est plutôt à l'avantage des espagnols, qui dominent, mais sans se montrer vraiment dangereux. Ils parviennent cependant à ouvrir le score sur un pénalty de Villa. Petit à petit, l'équipe de France impose son physique, notamment en milieu de terrain, et étouffe l'équipe d'Espagne. Juste avant la mi-temps, Ribéry part au but, efface Casillas et égalise. La seconde mi-temps est à l'avantage des français qui contrôlent le match et inscrivent deux buts supplémentaire par Vieira et Zidane. Un match difficile mais finalement remporté 3-1 par une équipe solide et bien construite face a une équipe espagnole trop confiante.
L'équipe de France réussit l'exploit d'éliminer le Brésil en quart de final le 1er juillet 2006, grâce à un but de Henry (score final 1-0). Ce match est sans aucun doute le plus abouti de l'ère Domenech. Emmenée par un Zidane étincelant, qualifié de « magicien » par Pelé, l'équipe de France maîtrise comme jamais ce match que beaucoup qualifient de finale avant l'heure. Il faut rappeler que la dernière défaite du Brésil en coupe du Monde remontait à la finale du 12 juillet 1998 remportée par la France (3-0).
L'équipe de France affronte le Portugal le mercredi 5 juillet 2006 à Munich. La France remporte le match 1 à 0 grâce à un but sur penalty de Zinedine Zidane à la 33e minute.
Dimanche 9 juillet 2006 : la France est en finale contre l'Italie, là où absolument personne ne l'attendait au début de la compétition. Le match est vif et offensif de la part des deux équipes. Après un remarquable penalty de Zidane à la « Panenka » dès la 6e minute de jeu, la France encaisse rapidement un but et manque d'en prendre un deuxième sur un tir qui touche la transversale. Très dominatrice en deuxième période face à une équipe d'Italie visiblement fatiguée, la France n'arrive toutefois pas à renverser le match en loupant de peu deux occasions de la part de Zidane et de Ribéry. Privée de Vieira (blessé à la 56e minute), les esprits s'échauffent rapidement sur le terrain. Lors des prolongations, Zidane est expulsé à la 110e minute pour un coup de tête sur le thorax du joueur italien Marco Materazzi. Raymond Domenech choisit de faire rentrer David Trezeguet pour les tirs au but, mais ce dernier loupe son tir qui s'échoue sur la barre transversale du gardien italien Gianluigi Buffon. Au terme d'un parcours exceptionnel, la France manque donc une occasion d'ajouter une deuxième étoile à son maillot (score final 1-1, 5-3 t.a.b.).
